Un Avancement Majeur dans l’Inference des Arbres d’Espèces
Une équipe d’ingénieurs de l’Université de Californie à San Diego a développé un outil innovant appelé "Roadies", destiné à aider les chercheurs à mieux comprendre l’évolution des espèces.
Cet outil permet de déduire des arbres d’espèces directement à partir de données génomiques brutes, rendant ainsi ce processus plus accessible à un plus grand nombre de scientifiques, indépendamment de leur expertise en bioinformatique ou des ressources informatiques initialement nécessaires.
Les arbres d’espèces jouent un rôle crucial dans la compréhension de l’évolution des organismes, mais ils sont également fondamentaux pour diverses applications, telles que l’identification de cibles médicamenteuses dans le génome, la prévision d’épidémies zoonotiques, et même la conservation des espèces menacées.Dans un article publié dans les Proceedings of the National Academy of Sciences, l’équipe a démontré que Roadies peut inférer des arbres d’espèces d’une qualité comparable à celle des études les plus récentes tout en nécessitant beaucoup moins de temps et d’efforts.
En se concentrant sur des groupes variés tels que les mammifères placentaires et les levures, les chercheurs ont prouvé la polyvalence de l’outil.
Yatish Turakhia, professeur d’ingénierie, a soutenu que la rapidité, la précision et l’automatisation de Roadies pourraient transformer notre capacité à explorer la biodiversité et à répondre aux complexités des sciences de la vie.Une Innovation Automatisée et Efficace
Ce qui distingue Roadies des outils phylogénétiques traditionnels, c’est son fonctionnement entièrement automatisé.
Contrairement aux approches existantes qui nécessitent une annotation préalable du génome ou une identification des gènes homologues, Roadies utilise un échantillonnage aléatoire de loci génomiques, simplifiant ainsi le processus.
Ce modèle, bien qu’apparemment simple, a montré une efficacité remarquable, renforçant l’idée que des méthodes innovantes peuvent parfois surpasser les techniques classiques.
En intégrant des méthodes permettant de travailler avec des gènes présents en plusieurs copies, Roadies offre en plus une flexibilité qui l’adapte à un grand nombre d’espèces.L’étude souligne que Roadies est capable de traiter des ensembles de données vastes et complexes, allant jusqu’à plusieurs centaines de génomes, tout en fournissant des résultats cohérents avec des recherches antérieures.
Les chercheurs visent à enrichir les capacités de Roadies, notamment en intégrant de nouveaux taxons aux arbres existants et en explorant les avantages potentiels des unités de traitement graphique (GPU) pour traiter des millions de données génomiques.
En anticipant un futur où des projets de séquençage à grande échelle viseront à cartographier la totalité des espèces eucaryotes, l’équipe travaille sans relâche pour garantir que Roadies est préparé à répondre à ces défis.Conclusion
En somme, Roadies représente une avancée significative dans le domaine de la phylogénie et de l’évolution, offrant aux chercheurs un outil puissant pour explorer la complexité de la vie sur Terre.
Cet outil ne se contente pas de simplifier le processus d’inférence des arbres d’espèces, mais ouvre également la voie à de nouvelles découvertes biologiques et médicales.
Les innovations apportées par cette équipe de l’UC San Diego pourraient bien redéfinir les méthodes d’analyse dans ce domaine, rendant la recherche plus rapide et plus précise que jamais.
