Dans l’épisode final, après un affrontement avec Gul Dukat, Sisko est enlevé par des entités divines, les prophètes, et disparaît dans un royaume intemporel.
Bien qu’il assure à sa femme, Kasidy Yates, qu’il reviendra, la série se termine sans révéler ce moment tant attendu.
La récente bande-annonce de la nouvelle série « Starfleet Academy » suggère que le sort de Sisko pourrait être exploré, avec une référence explicite à lui.
Parallèlement aux récits canoniques, plusieurs histoires non officielles ont été développées sur le retour de Sisko.
Dans ces narrations, il revient à la vie un an après sa disparition, réintègre Starfleet et reprend le commandement d’un vaisseau tout en jonglant avec ses responsabilités familiales et son rôle d’émissaire.
Cependant, cette continuité a été annulée dans un événement multivers qui efface son retour et son avenir.
En résumé, le destin de Sisko oscille entre sa présence auprès des prophètes et les possibilités de son retour, restant ainsi un mystère captivant pour les fans.